I Gebusei erano discendenti da Canaan (Genesi 10:15-16), figlio di Cam (Genesi 9:18).
Quando Dio disse di dare ad Abraamo una terra per la sua discendenza, fu descritta come abitata da alcuni popoli, tra cui i Gebusei (Genesi 15:18-21).
I Gebusei sono descritti come abitanti di Gerusalemme al tempo di Giosuè (Giosuè 15:63).
Durante il tempo di Giosuè, il re Gebuseo Adoni-Sedec si unì ad altri quattro re e tutti e cinque i re attaccarono Gabaon (Giosuè 10:3-5). Allora i Gabaoniti chiesero aiuto agli Israeliti (Giosuè 10:6) e i cinque re furono sconfitti e messi a morte dagli Israeliti (Giosuè 10:7-25). In seguito i Gebusei si unirono a Iabin, re di Asor, in una battaglia contro gli Israeliti, ma furono sconfitti anche loro dall’esercito di Giosuè (Giosuè 11:1-9). I figli di Giuda non riuscirono a scacciare i Gebusei, i quali continuarono ad abitare con loro in Gerusalemme (Giosuè 15:63). Anche al tempo dei giudici i figli di Beniamino non scacciarono i Gebusei che abitavano Gerusalemme (Giudici 1:21).
Durante il periodo dei giudici, gli Israeliti abitarono in mezzo ai Gebusei e ad altri popoli; sposarono le loro figlie, diedero le proprie figlie come spose ai loro figli, e servirono i loro dèi (Giudici 3:5-6).
Quando Davide divenne re d’Israele (2 Samuele 5:3; 1 Cronache 11:3), lui con la sua gente si mosse verso Gerusalemme contro i Gebusei che abitavano la città; la conquistò e la chiamò Città di Davide (2 Samuele 5:6-9; 1 Cronache 11.4-7).
Quelli che erano rimasti dei Gebusei e altri popoli, vale a dire i loro discendenti che erano rimasti dopo di loro nel paese e che gli Israeliti non avevano distrutti, Salomone li impiegò per lavori servili (2 Cronache 8:7-8).
Dopo che gli ebrei tornarono dall’esilio babilonese, il sacerdote Esdra dovette affrontare la questione del matrimonio degli Israeliti con i Gebusei e altri popoli (Esdra 9:1-2). Esdra disse agli Israeliti di confessare la loro colpa a Dio e di separarsi dai popoli del paese e dalle donne straniere (Esdra 10:11), in modo da allontanare l’ira di Dio da loro (Esdra 10:14).